ข้อโต้แย้งที่เรียกว่า “พระเจ้าแห่งช่องว่าง” อ้างว่าปรากฏการณ์ในโลกธรรมชาติที่ยังหาคำอธิบายไม่ได้ในปัจจุบันคือข้อพิสูจน์ว่าพระเจ้ามีอยู่จริง เพราะมีเพียงการมีอยู่ของพระเจ้าเท่านั้นที่สามารถอธิบายได้ ตัวอย่างเช่น คนโบราณที่ไม่รู้ว่าอะไรทำให้เกิดฟ้าผ่าอาจสันนิษฐานว่าเทพเจ้าบันดาลให้เกิดเพื่อลงโทษมนุษยชาติ แน่นอนว่าข้อโต้แย้งเพื่อพิสูจน์การมีอยู่ของพระเจ้าในลักษณะนี้ละเลยข้อเท็จจริงที่ว่า ในท้ายที่สุดอาจมีการค้นพบคำอธิบายทางธรรมชาติที่เหมาะสมสำหรับปรากฏการณ์ที่ยังไม่ทราบสาเหตุดังกล่าว และเราจะพลาดสิ่งนั้นไปหากเรารีบด่วนสรุปว่า “พระเจ้าเป็นผู้กระทำ” สิ่งนี้เคยเกิดขึ้นมาแล้ว ตัวอย่างเช่นเมื่อ ไอแซก นิวตัน กล่าวว่าคำอธิบายที่ดีที่สุดสำหรับการเคลื่อนที่ของดาวเคราะห์คือการมีผู้ทรงภูมิปัญญาหรือแม้แต่ทูตสวรรค์คอยผลักดันพวกมัน

เราต้องระมัดระวังข้อโต้แย้งในทำนองเดียวกันที่อ้างว่าลักษณะบางประการของเซลล์มนุษย์ หรืออวัยวะบางอย่าง ไม่สามารถเกิดขึ้นได้ด้วยวิธีทางธรรมชาติ ดังนั้นจึงจำเป็นต้องมีคำอธิบายเหนือธรรมชาติ แต่หากพบคำอธิบายทางธรรมชาติในภายหลังสำหรับสิ่งที่เราเคยอธิบายไม่ได้ หลักฐานเกี่ยวกับพระเจ้าของเราก็จะหายไปเมื่อช่องว่างในความเข้าใจของเราถูกปิดลงด้วยการค้นพบทางวิทยาศาสตร์ วิทยาศาสตร์ไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าพระเจ้ามีอยู่จริงเพียงแค่ชี้ไปที่ปรากฏการณ์ทางธรรมชาติที่มนุษย์ยังอธิบายไม่ได้ และในขณะเดียวกันก็ไม่สามารถหักล้างการมีอยู่ของพระเจ้าได้เช่นกัน เพราะวิทยาศาสตร์ไม่สามารถตัดสินสิ่งที่มีอยู่นอกเหนือโลกธรรมชาติได้

แล้ววิทยาศาสตร์เกี่ยวข้องกับพระเจ้าอย่างไร นักบุญโทมัส อไควนัส ได้มอบแบบจำลองของความสัมพันธ์แบบดั้งเดิมระหว่างวิทยาศาสตร์และเทววิทยาธรรมชาติให้แก่เรา นั่นคือการมารู้จักพระเจ้าผ่านทางเหตุผล โทมัสใช้ข้อเท็จจริงทางวิทยาศาสตร์ เช่น การมีอยู่ของการเปลี่ยนแปลง หรือความสม่ำเสมอของการเคลื่อนที่ภายในวัตถุตามธรรมชาติ มาเป็นข้อตั้งในข้อโต้แย้งเชิงปรัชญาเพื่อพิสูจน์การมีอยู่ของพระเจ้า ตัวอย่างเช่น โทมัสแสดงให้เห็นว่าการเคลื่อนที่ที่เราสังเกตเห็นได้จากประสบการณ์ในโลกสามารถสืบย้อนไปตามหลักตรรกะจนถึงผู้ขับเคลื่อนที่ไม่ถูกขับเคลื่อน หรือพระเจ้า หนังสือคำสอนระบุว่าการค้นพบทางวิทยาศาสตร์ควร “เชิญชวนให้เราชื่นชมความยิ่งใหญ่ของพระผู้สร้างมากยิ่งขึ้น” (CCC 283)

แนวคิดที่ว่าวิทยาศาสตร์ควรเป็นวิธีหลักในการเรียนรู้เกี่ยวกับโลกนั้นมาจากแนวคิดสมัยใหม่เกี่ยวกับวิทยาศาสตร์ ในช่วงยุคกลาง วิทยาศาสตร์ถูกนิยามว่าเป็น “ความรู้เกี่ยวกับสิ่งต่างๆ จากสาเหตุของมัน” เมื่อใช้นิยามนี้ แม้แต่เทววิทยาก็ถือเป็นวิทยาศาสตร์แขนงหนึ่งเพราะเกี่ยวข้องกับการแสวงหาความรู้ (ซึ่งภาษาละตินใช้คำว่า scientia) แต่หลังจากผลงานของนักคิดสมัยใหม่เช่น ไอแซก นิวตัน และ กาลิเลโอ กาลิเลอี แนวคิดของคำว่า “วิทยาศาสตร์” ก็หดแคบลงเพื่อรองรับสิ่งที่เคยถูกเรียกว่าปรัชญาธรรมชาติหรือวิทยาศาสตร์ธรรมชาติ ในปี ค.ศ. 1837 วิลเลียม วีเวลล์ ได้บัญญัติคำว่านักวิทยาศาสตร์เพื่ออธิบายถึงบุคคลที่แสวงหาคำอธิบายอย่างเป็นระบบสำหรับปรากฏการณ์ที่สังเกตได้

วิทยาศาสตร์เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์เมื่อนำมาใช้ทำความเข้าใจโลก แต่มันไม่ใช่เครื่องมือเดียวที่เราใช้เพื่อทำความเข้าใจโลก มากพอๆ กับที่ค้อนไม่ใช่เครื่องมือเดียวที่เราใช้ในการสร้างบ้าน อันตรายที่เราเผชิญในปัจจุบันคือทั้งนักวิทยาศาสตร์มืออาชีพและคนทั่วไปจำนวนมากขึ้นเรื่อยๆ ต่างพึ่งพาวิทยาศาสตร์ให้เป็นผู้ตัดสินความจริงเพียงหนึ่งเดียว นักฟิสิกส์ สตีเฟน ฮอว์คิง และ เลียวนาร์ด มลอดินอฟ เขียนไว้ในหนังสือ The Grand Design ว่า ธรรมชาติของความเป็นจริงคืออะไร ทั้งหมดนี้มาจากไหน จักรวาลจำเป็นต้องมีผู้สร้างหรือไม่ ตามธรรมเนียมแล้วสิ่งเหล่านี้เป็นคำถามสำหรับปรัชญา แต่ปรัชญาได้ตายไปแล้ว ปรัชญาก้าวไม่ทันการพัฒนาสมัยใหม่ของวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะฟิสิกส์ นักวิทยาศาสตร์ได้กลายเป็นผู้ถือคบเพลิงแห่งการค้นพบในการแสวงหาความรู้ของเรา

แต่คบเพลิงแห่งวิทยาศาสตร์ไม่สามารถส่องสว่างให้เห็นคำตอบสำหรับทุกคำถามที่เรามีเกี่ยวกับโลกได้ ตัวอย่างเช่น วิทยาศาสตร์ต้องพึ่งพาปรัชญาเพื่อที่จะรู้ว่าวิทยาศาสตร์คืออะไร วิทยาศาสตร์ทำงานอย่างไร และอะไรที่นับว่าเป็นวิทยาศาสตร์ ปรัชญานี่เองที่ช่วยแยกแยะวิทยาศาสตร์ที่ถูกต้องอย่างดาราศาสตร์และเคมี ออกจากวิทยาศาสตร์เทียมอย่างโหราศาสตร์และการเล่นแร่แปรธาตุ

วิทยาศาสตร์ยังต้องพึ่งพาสมมติฐานเชิงปรัชญาที่ว่าโลกดำเนินไปภายใต้กฎทางวิทยาศาสตร์ที่ไม่เพียงแต่เหมือนกันทั่วทั้งจักรวาลเท่านั้น แต่ยังเหมือนกันทั้งในอดีตและอนาคต ไม่มีสภาวะการทดลองใดที่สามารถตรวจสอบสมมติฐานเชิงปรัชญาเหล่านี้ได้ สิ่งเหล่านี้ต้องอาศัยการ “ยอมรับด้วยความเชื่อ” แทน ยิ่งไปกว่านั้น เนื่องจากวิทยาศาสตร์สมัยใหม่ถูกจำกัดให้อยู่แค่การค้นหาคำอธิบายทางธรรมชาติที่สามารถทดสอบได้ วิทยาศาสตร์จึงต้องวางตัวเป็นกลางในประเด็นที่ว่าพระเจ้ามีอยู่จริงหรือไม่ วิทยาศาสตร์ไม่สามารถหักล้างพระเจ้าได้ และไม่สามารถอ้างอิงถึงพระเจ้าในฐานะส่วนหนึ่งของทฤษฎีทางวิทยาศาสตร์ได้ เพราะการมีอยู่ของพระเจ้าไม่สามารถนำมาทดสอบได้

วิทยาศาสตร์เป็นเครื่องมือที่ยอดเยี่ยมสำหรับการเรียนรู้เกี่ยวกับโลกธรรมชาติ แต่มันไม่ใช่ยาวิเศษที่สามารถแก้ไขหรืออธิบายได้ทุกสิ่ง และมันก็ไม่เคยถูกสร้างมาเพื่อแบกรับภาระเช่นนั้นเลย