ในแวดวงโปรเตสแตนต์มักมีข้อกล่าวหาว่าพระศาสนจักรคาทอลิก "เพิ่มเติมสิ่งต่างๆ ลงในพระคัมภีร์" ในสองลักษณะซึ่งถือว่าขัดต่อคำสอนในพระคัมภีร์ ว่ากันว่า (1) คาทอลิกมีหนังสือเพิ่มเติมในพระคัมภีร์ซึ่งไม่มีในฉบับของโปรเตสแตนต์ และ (2) คาทอลิกมีคำสอนและข้อปฏิบัติที่ไม่ได้ระบุไว้ในพระคัมภีร์ นี่คือสองสิ่งที่ถูก "เพิ่มเติม" เข้ามาอย่างไม่ถูกต้องในมุมมองของชาวโปรเตสแตนต์จำนวนมาก

เกี่ยวกับหนังสือในพระคัมภีร์ นักวิจารณ์บางครั้งชี้ไปที่ข้อความเช่นนี้:

ข้าพเจ้าขอเตือนทุกคนที่ได้ยินพระวาจาประกาศพระคริสตธรรมในหนังสือเล่มนี้ว่า หากผู้ใดเพิ่มเติมสิ่งใดลงไป พระเจ้าจะทรงเพิ่มภัยพิบัติที่เขียนไว้ในหนังสือเล่มนี้แก่ผู้นั้น และถ้าผู้ใดตัดถ้อยคำออกจากหนังสือประกาศพระคริสตธรรมนี้ พระเจ้าก็จะทรงตัดส่วนแบ่งของเขาจากต้นไม้แห่งชีวิตและจากนครศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งเขียนไว้ในหนังสือเล่มนี้ (วิวรณ์ 22:18–19)

จากนั้นจึงมีการโต้แย้งว่า การที่พระศาสนจักรคาทอลิกรวมหนังสือที่พระคัมภีร์ของโปรเตสแตนต์ไม่มีเข้าไว้ในพระคัมภีร์นั้น ถือเป็นการฝ่าฝืนคำเตือนนี้ แต่มีปัญหาหลายประการเกี่ยวกับข้อกล่าวอ้างนี้

ประการแรก ข้อความนี้ไม่ได้กล่าวในสิ่งที่นักวิจารณ์คิด ในภาษากรีก คำว่าหนังสือคือ biblion และในศตวรรษที่หนึ่ง คำนี้หมายถึงหนังสือเล่มเล็กมากๆ ซึ่งเกือบจะอยู่ในรูปของม้วนหนังสือเสมอ พระคัมภีร์มีขนาดใหญ่เกินกว่าจะบรรจุลงในม้วนหนังสือม้วนเดียวได้ และเมื่อหนังสือวิวรณ์ถูกเขียนขึ้น พันธสัญญาใหม่ก็ยังไม่ได้ถูกรวบรวมเป็นเล่มเดียวกัน ดังนั้นสิ่งที่ข้อความนี้กำลังทำอยู่จริงๆ คือการเตือนไม่ให้เข้าไปดัดแปลงแก้ไขเนื้อหาของหนังสือวิวรณ์ (ซึ่งในความเป็นจริงแล้ว ก็ได้กล่าวถึงภัยพิบัติ ต้นไม้แห่งชีวิต และนครศักดิ์สิทธิ์เยรูซาเล็มใหม่)

ถึงกระนั้น เราก็สามารถนำหลักการที่ว่าเราไม่ควรดัดแปลงแก้ไขเนื้อหาของพระคัมภีร์มาประยุกต์ใช้กับพระคัมภีร์โดยรวมได้อย่างสมเหตุสมผล คงจะเป็นเรื่องผิดที่จะเพิ่มหนังสือที่ไม่ได้เป็นพระคัมภีร์ลงไป และคงจะเป็นเรื่องผิดเช่นกันที่จะตัดหนังสือที่เป็นพระคัมภีร์ออกไป

ข้อความนี้จึงกลายเป็นดาบสองคม หากพระคัมภีร์คาทอลิกและโปรเตสแตนต์มีจำนวนหนังสือที่แตกต่างกัน กลุ่มหนึ่งกำลังเพิ่มเติม หรืออีกกลุ่มหนึ่งกำลังตัดออกกันแน่

ชาวโปรเตสแตนต์บางคนแย้งว่าสภาสังคายนาเมืองเตรนต์ (ค.ศ. 1545–1563) ได้ "เพิ่มเติม" หนังสือเจ็ดเล่มลงในพระคัมภีร์ (มัคคาบี ฉบับที่ 1 และ 2, โทบิต, ยูดิธ, บุตรสิรา, ปรีชาญาณ และบารุค) รวมถึงบางส่วนของหนังสืออีกสองเล่ม (ดาเนียล และเอสเธอร์)

หนังสือเหล่านี้เป็นที่รู้จักในชื่อหนังสือ "สารบบที่สอง" (deuterocanonical) อย่างไรก็ตาม สภาสังคายนาดังกล่าวไม่ใช่จุดเริ่มต้นที่หนังสือเหล่านี้ถูกพิจารณาว่าอยู่ในสารบบ มันเป็นเพียงจุดที่มีการกำหนดอย่างปราศจากข้อผิดพลาดว่าหนังสือเหล่านี้มีความศักดิ์สิทธิ์และอยู่ในสารบบ แต่พวกมันได้รับการยอมรับว่าเป็นพระคัมภีร์มาก่อนหน้านั้นนานแล้ว

เจ.เอ็น.ดี. เคลลี นักประวัติศาสตร์พระศาสนจักรโปรเตสแตนต์เขียนไว้ว่า พระคัมภีร์ของคริสตชน "มักจะรวมเอาสิ่งที่เรียกว่า คัมภีร์อธิกธรรม (Apocrypha) หรือหนังสือสารบบที่สอง เข้าไว้ด้วยเสมอ แม้ว่าจะได้รับการยอมรับในระดับที่แตกต่างกันไปก็ตาม"

เมื่อสภาสังคายนาท้องถิ่นของคริสตชนในยุคแรก เช่น สภาซีนอดแห่งกรุงโรม (ค.ศ. 382) สภาสังคายนาแห่งฮิปโป (ค.ศ. 393) และสภาสังคายนาแห่งคาร์เธจ (ค.ศ. 397) ได้จัดทำรายชื่อสารบบพระคัมภีร์ พวกเขาได้รวมหนังสือสารบบที่สองไว้ด้วย สภาสังคายนาเหล่านี้เพียงแค่สรุปความเชื่อมาตรฐานในหมู่คริสตชนในยุคของตน ดังนั้นหนังสือเหล่านี้จึงได้รับการยอมรับว่าอยู่ในสารบบในช่วงเวลาที่พระคัมภีร์กำลังถูกจัดทำเป็นสารบบ

แต่ทำไมสภาสังคายนาเมืองเตรนต์จึงรู้สึกถึงความจำเป็น หลังจากผ่านไปหลายศตวรรษ ที่จะต้องกำหนดเรื่องนี้อย่างปราศจากข้อผิดพลาด นั่นเป็นเพราะขบวนการโปรเตสแตนต์ที่เพิ่งเริ่มต้นขึ้นได้ปฏิเสธสถานะการเป็นพระคัมภีร์ของหนังสือเหล่านี้ กล่าวอีกนัยหนึ่งคือ เป็นเพราะนักปฏิรูปโปรเตสแตนต์กำลังตัดหนังสือที่คริสตชนถือว่าเป็นพระคัมภีร์มาอย่างยาวนานออกไป

แล้วข้อกล่าวหาที่ว่าพระศาสนจักรคาทอลิกมีคำสอนและข้อปฏิบัติที่ไม่พบในพระคัมภีร์ล่ะ ชาวโปรเตสแตนต์ยึดถือว่าเราควรสร้างคำสอนและข้อปฏิบัติของเรา "โดยพระคัมภีร์เพียงอย่างเดียว" (ภาษาละติน sola scriptura) และดังนั้นพวกเขาจึงอ้างว่า หากสิ่งเหล่านี้ไม่สามารถพิสูจน์ได้จากพระคัมภีร์ เราก็ไม่ควรยึดถือมัน นี่คือเหตุผลที่พวกเขาคัดค้านการ "เพิ่มเติม" สิ่งเหล่านั้น

ในประการแรก ข้อกล่าวหานี้เกินจริงไปมาก ชาวโปรเตสแตนต์เองก็ยอมรับว่าหลักคำสอนหรือข้อปฏิบัติไม่จำเป็นต้องระบุไว้อย่างชัดเจนในพระคัมภีร์ เพียงแค่อิงตามหลักการในพระคัมภีร์ก็เพียงพอแล้ว หลักคำสอนเรื่องพระตรีเอกภาพเป็นตัวอย่างหนึ่ง มันไม่ได้ถูกระบุไว้อย่างชัดเจนที่ใดเลยในพระคัมภีร์ แม้ว่าพระคัมภีร์จะมีข้อความที่บ่งบอกเป็นนัยว่าพระเจ้าทรงเป็นพระตรีเอกภาพ และพระศาสนจักรยุคแรกก็ได้พัฒนาคำสอนนี้จากข้อความเหล่านั้น

ในทำนองเดียวกัน คาทอลิกตระหนักดีว่าพระคัมภีร์ยังประกอบด้วยหลักการที่สนับสนุนหลักคำสอนและข้อปฏิบัติต่างๆ เช่น ไฟชำระ และการขอให้บรรดานักบุญช่วยวิงวอน

แต่สำหรับตัวหลักคำสอน sola scriptura เองล่ะ มันผ่านบททดสอบของตัวมันเองหรือไม่ เนื่องจากมันเป็นหลักคำสอน เราจึงจำเป็นต้องหาข้อความในพระคัมภีร์ที่ระบุหรือบ่งบอกถึงมันเป็นนัย และเราไม่สามารถหาได้

Sola scriptura ไม่ใช่วิธีที่ชาวยิวในยุคพันธสัญญาเดิมหรือคริสตชนในยุคพันธสัญญาใหม่ใช้สร้างหลักคำสอนของตน พวกเขาตระหนักว่าพระวาจาของพระเจ้ามีอำนาจ และแม้ว่าพระวาจาของพระเจ้าจะพบได้ในพระคัมภีร์ แต่มันก็ไม่ได้พบเฉพาะในพระคัมภีร์เท่านั้น

ตัวอย่างเช่น ในช่วงพันธกิจบนโลกของพระองค์ พระเยซูเจ้าทรงสอนผู้ติดตามพระองค์หลายสิ่งหลายอย่าง และสิ่งเหล่านี้ก็ไม่ได้ถูกจดบันทึกเป็นพระคัมภีร์เล่มใหม่ในทันที ในทางกลับกัน สิ่งเหล่านั้นถูกส่งต่อในรูปแบบของธรรมประเพณีของอัครสาวก ซึ่งตามตัวอักษรคือการส่งต่อความรู้ และในเวลาต่อมาก็มีเพียงบางส่วนเท่านั้นที่ถูกเขียนลงในพระคัมภีร์

ถึงกระนั้นสิ่งเหล่านั้นก็ยังมีอำนาจ นี่คือเหตุผลที่อัครสาวกเปาโลกล่าวกับผู้ฟังของท่านว่า "จงยืนหยัดมั่นคง และยึดถือธรรมประเพณีที่ท่านได้รับการสอนจากเรา ไม่ว่าจะเป็นด้วยวาจาหรือด้วยจดหมายก็ตาม" (2 เธสะโลนิกา 2:15)

ยิ่งไปกว่านั้น คริสตชนในยุคแรกตระหนักว่าพระจิตเจ้าทรงนำผู้นำของพระศาสนจักรในการให้คำสอนที่มีอำนาจเกี่ยวกับความหมายของพระวาจาของพระเจ้า เช่นในการประชุมที่กรุงเยรูซาเล็มในปี ค.ศ. 49 (กิจการฯ 15:1–31, กาลาเทีย 2:1–10)

ดังนั้น คริสตชนในพันธสัญญาใหม่จึงตระหนักว่าพระวาจาของพระเจ้านั้นพบได้ทั้งในพระคัมภีร์และธรรมประเพณี และได้รับการตีความอย่างมีอำนาจโดยอำนาจสั่งสอนของพระศาสนจักร (ภาษาละติน magisterium)

ไม่มีข้อความใดในพระคัมภีร์ที่ระบุหรือบ่งบอกเป็นนัยว่ารูปแบบนี้จะเปลี่ยนแปลงไปในยุคหลังอัครสาวก (ตรงกันข้ามเลยด้วยซ้ำ! ลองเปรียบเทียบ 2 ทิโมธี 2:2 กับ 4:6–8) ดังนั้น sola scriptura จึงไม่ผ่านบททดสอบของตัวมันเอง มันหักล้างตัวมันเอง

นอกจากนี้ การเพิกเฉยต่อธรรมประเพณีของอัครสาวกที่สืบทอดมาควบคู่กับพระคัมภีร์ ย่อมทำให้ชาวโปรเตสแตนต์พบว่าตนเองกำลัง "ตัดออก" จากพระวาจาของพระเจ้าอีกครั้งหนึ่ง