ยุคแห่งการสำรวจซึ่งเกิดขึ้นระหว่างศตวรรษที่สิบห้าถึงสิบเจ็ด ได้สร้างสถานการณ์ที่ไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อนสำหรับพระศาสนจักร ด้วยการค้นพบดินแดนใหม่ๆ อันกว้างใหญ่ ทำให้ตระหนักว่ายังมีผู้คนอีกหลายล้านคนที่ยังไม่เคยได้รับฟังข่าวดีของพระเยซูคริสต์

พระเยซูเจ้าเองได้ตรัสไว้ว่า "เพราะฉะนั้น ท่านทั้งหลายจงไปสั่งสอนนานาชาติให้มาเป็นศิษย์ของเรา ทำพิธีล้างบาปให้เขาเดชะพระนามพระบิดา พระบุตร และพระจิต สอนเขาให้ปฏิบัติตามคำสั่งทุกข้อที่เราประทานแก่ท่าน" (มัทธิว 28:19–20) ซึ่งเป็นการมอบอาณัติแห่งการเป็นมิชชันนารีให้แก่พระศาสนจักร

บรรดามิชชันนารีจึงเริ่มรับมือกับความยากลำบากและอันตรายที่เกิดจากการเดินทางข้ามพรมแดนในยุคนั้น พวกเขากระจายไปทั่วโลก เดินทางร่วมไปกับนักสำรวจและนำข้อความของพระคริสต์ไปสู่ผู้คนในทุกหนทุกแห่ง

แต่มีปัญหาอยู่อย่างหนึ่งคือ มหาอำนาจนักล่าอาณานิคมต่างๆ โดยหลักคือสเปนและโปรตุเกส แต่ก็รวมถึงฝรั่งเศส อังกฤษ และเนเธอร์แลนด์ ที่ค้นพบดินแดนใหม่เหล่านี้ ต่างก็วุ่นวายอยู่กับการแข่งขันกันเพื่อตั้งอาณานิคม แต่ละชาติล้วนแสวงหาผลประโยชน์ของตนเองและไม่ต้องการล้าหลังชาติอื่น

นี่หมายความว่ามหาอำนาจเหล่านี้ยังแข่งขันและในหลายกรณีก็เอารัดเอาเปรียบชนพื้นเมืองในดินแดนเหล่านั้นด้วย ที่แย่ไปกว่านั้น ผู้แสวงหาผลประโยชน์บางคนยังอ้างความเชื่อคริสตชนของตนเพื่อเป็นข้ออ้างในการยึดครอง ปล้นสะดม และจับชนพื้นเมืองมาเป็นทาส

แล้วบรรดามิชชันนารีทำสิ่งใด มิชชันนารีคาทอลิกร้องเรียนต่อพระสันตะปาปาเกี่ยวกับสิ่งที่ผู้พิชิตและคนอื่นๆ กำลังทำ และในปี ค.ศ. 1537 พระสันตะปาปาเปาโลที่ 3 ได้ทรงออกสมณสาส์นที่รู้จักกันในชื่อ Pastorale Officium ซึ่งพระองค์ทรงระบุว่าจักรพรรดิคาร์ลที่ 5 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ได้ทรงห้ามมิให้ผู้อยู่ใต้ปกครองของพระองค์จับชนพื้นเมืองในดินแดนมิสซังมาเป็นทาสหรือปล้นทรัพย์สินของพวกเขา จากนั้นพระองค์ทรงเพิ่มเติมบทลงโทษขั้นสูงสุดของพระศาสนจักรคือการตัดขาดจากพระศาสนจักรเข้ากับคำสั่งห้ามนี้:

เนื่องจากเราเฝ้าระวังไม่ให้ชาวอินเดียนเหล่านี้ แม้จะอยู่นอกอ้อมอกของพระศาสนจักร ต้องถูกลิดรอนหรือจะต้องถูกลิดรอนเสรีภาพหรือกรรมสิทธิ์ในทรัพย์สินของพวกเขา เพราะพวกเขาเป็นมนุษย์ และด้วยเหตุนี้จึงสามารถมีความเชื่อและรับความรอดพ้นได้ และดังนั้นพวกเขาจึงไม่สมควรถูกทำลายด้วยการจับมาเป็นทาส แต่ควรได้รับเชิญสู่ชีวิตผ่านทางการเทศน์สอนและแบบอย่างที่ดี และนอกจากนี้ เนื่องจากเราปรารถนาที่จะระงับการกระทำอันชั่วร้ายของผู้ไร้ศีลธรรมเช่นนั้น และเพื่อให้แน่ใจว่าชาวอินเดียนจะไม่กลายเป็นผู้มีใจกระด้างต่อต้านการรับเอาความเชื่อของพระคริสต์ เราขอสั่งว่าภายใต้การดูแลอย่างใกล้ชิดของท่าน ท่านจงป้องกันด้วยความเข้มงวดอย่างยิ่งภายใต้บทลงโทษการถูกตัดขาดจากพระศาสนจักรไม่ว่าใครก็ตามในทุกระดับชั้น จากการทึกทักเอาเองไม่ว่าในทางใดที่จะลดทอนชาวอินเดียนที่กล่าวถึงข้างต้นให้กลายเป็นทาส หรือปล้นทรัพย์สินของพวกเขาไม่ว่าด้วยวิธีใดก็ตาม

นี่เป็นหนึ่งในชุดเอกสารที่พระสันตะปาปาในยุคนั้นทรงยืนหยัดอยู่เคียงข้างชนพื้นเมืองเพื่อต่อต้านผู้ที่พยายามกดขี่พวกเขา โดยทรงอ้างถึงทั้งข้อเท็จจริงที่ว่าพวกเขาเป็นมนุษย์ กล่าวคือพวกเขามีสิทธิมนุษยชน และการที่พวกเขาอาจหันหลังให้กับพระวรสารได้หากถูกกระทำอย่างเลวร้าย สิ่งนี้มีความสำคัญเป็นพิเศษ เพราะพระศาสนจักรห้ามการบังคับให้เปลี่ยนศาสนามาโดยตลอด การรับเอาพระวรสารจะต้องเป็นไปโดยสมัครใจ (CCC 160)

ดังนั้น พระศาสนจักรจึงตระหนักว่าชนพื้นเมืองเป็นมนุษย์ที่สมควรได้รับความเคารพและมีวิญญาณอันล้ำค่าที่ต้องการความรอดพ้นจากพระเยซู พวกเขาเป็นผู้ที่พระคริสต์ทรงสิ้นพระชนม์เพื่อพวกเขาเช่นเดียวกับชาวยุโรป และพวกเขาจะต้องได้รับการปฏิบัติเช่นนั้น พระศาสนจักรจึงพยายามช่วยเหลือชนพื้นเมืองและปกป้องพวกเขาจากการถูกเอารัดเอาเปรียบ

แม้ว่าสิ่งนี้จะส่งผลสะเทือน แต่น่าเสียดายที่มันไม่ได้หมายความว่าการเอารัดเอาเปรียบทั้งหมดจะยุติลง เช่นเดียวกับที่พระสันตะปาปาในปัจจุบันไม่สามารถดีดนิ้วและทำให้บรรดานักการเมืองคาทอลิกนำคำสอนของพระศาสนจักรในเรื่องต่างๆ เช่น การทำแท้ง ไปบัญญัติเป็นนโยบายสาธารณะได้ พระสันตะปาปาในยุคนั้นก็ทรงมีอิทธิพลจำกัดเหนืออำนาจทางโลกเช่นกัน

ผลลัพธ์ที่ได้คือช่วงเวลาที่มีทั้งแสงสว่างและเงามืด โดยมีการเอารัดเอาเปรียบควบคู่ไปกับความก้าวหน้าของพระวรสาร เช่นเดียวกับในทุกยุคสมัย เราต้องมองผู้คนในยุคนี้ตามความเป็นจริง ไม่มีใครดีพร้อมสมบูรณ์แบบ และไม่มีใครชั่วร้ายโดยสมบูรณ์ พวกเขาเป็นบุคคลที่มีความซับซ้อนเช่นเดียวกับพวกเรา

พระสันตะปาปาในยุคหลังหลายพระองค์ทรงยอมรับความจริงข้อนี้ รวมถึงพระสันตะปาปาฟรานซิส ซึ่งทรงระบุว่า "พ่อขอกล่าวสิ่งนี้กับพวกท่านด้วยความเสียใจว่า มีบาปหนักมากมายที่ได้กระทำต่อชนพื้นเมืองในอเมริกาในนามของพระเจ้า เช่นเดียวกับนักบุญยอห์น ปอล ที่ 2 พ่อขอให้พระศาสนจักร พ่อขอทวนคำของพระองค์ที่ว่าคุกเข่าต่อหน้าพระเจ้าและวอนขอการอภัยสำหรับบาปในอดีตและปัจจุบันของบรรดาบุตรและธิดาของพระศาสนจักร"

พระองค์ทรงตรัสต่อไปว่า "พร้อมกับการขอการอภัยนี้ และเพื่อให้เกิดความยุติธรรม พ่อยังอยากให้เราระลึกถึงบรรดาพระสงฆ์และบิชอปหลายพันองค์ที่ต่อต้านตรรกะแห่งดาบอย่างแข็งขันด้วยอำนาจของกางเขน"