ผู้สนับสนุนทฤษฎีการออกแบบอย่างชาญฉลาดอ้างว่าวิทยาศาสตร์สามารถตรวจจับได้ว่ามีผู้ทรงภูมิปัญญาออกแบบลักษณะบางอย่างของโลกธรรมชาติหรือไม่ ตัวอย่างเช่น หากคุณเดินไปตามชายหาดและเห็นเปลือกหอยถูกจัดเรียงเป็นคำว่า ซาร่า แต่งงานกับผมไหม คุณก็คงจะสันนิษฐานว่าเปลือกหอยเหล่านั้นไม่ได้บังเอิญมาอยู่บนชายหาดในลักษณะนั้นด้วยความบังเอิญอย่างแน่นอน ในทำนองเดียวกัน ผู้สนับสนุนทฤษฎีนี้อ้างว่าลักษณะบางประการในทางชีววิทยาก็มีเครื่องหมายของการออกแบบ หรือรูปแบบที่เจาะจงและตั้งใจ ซึ่งเราสามารถตรวจจับได้ทางวิทยาศาสตร์ แม้ว่าพวกเขาจะไม่ได้อ้างว่ารู้ถึงตัวตนของผู้ออกแบบอย่างชาญฉลาด แต่ผู้สนับสนุนส่วนใหญ่เชื่อว่าผู้ออกแบบคือพระเจ้าตามความเชื่อของชาวยิวและคริสตชน ผู้สนับสนุนยังมีความเห็นที่แตกต่างกันไปว่าสิ่งมีชีวิตมีวิวัฒนาการ หรือถูกสร้างขึ้นโดยตรงจากพระเจ้าเมื่อหลายพันปีก่อน

ไมเคิล บีฮี นักฟิสิกส์คาทอลิกและผู้สนับสนุนทฤษฎีการออกแบบอย่างชาญฉลาดอ้างว่า คนเราสามารถเชื่อได้ว่าสิ่งมีชีวิตทั้งหมดสืบเชื้อสายตามธรรมชาติมาจากบรรพบุรุษร่วมกัน อย่างไรก็ตาม บีฮีเชื่อว่าผู้ทรงภูมิปัญญาได้สร้างโครงสร้างทางชีววิทยาขนาดเล็กบางอย่างที่ซับซ้อนเกินกว่าจะอธิบายได้ด้วยทฤษฎีการพัฒนาทางชีววิทยาตามธรรมชาติ ตัวอย่างที่พบบ่อยที่สุดที่ผู้สนับสนุนอ้างถึง ได้แก่ เครื่องจักรจิ๋วในเซลล์เช่นแฟลเจลลัมของแบคทีเรีย ระบบภูมิคุ้มกันและกระบวนการแข็งตัวของเลือด รวมถึงดีเอ็นเอและรหัสพันธุกรรม

ทฤษฎีนี้เป็นที่รู้จักมากขึ้นหลังจากที่ผู้พิพากษาศาลรัฐบาลกลางในปี ค.ศ. 2005 ตัดสินว่าการที่คณะกรรมการโรงเรียนในรัฐเพนซิลเวเนียตัดสินใจเสนอตำราเรียนเกี่ยวกับการออกแบบอย่างชาญฉลาด และการอ่านคำประกาศปฏิเสธความรับผิดชอบที่เกี่ยวข้องกับทฤษฎีนี้และวิวัฒนาการในที่สาธารณะนั้น เป็นการสนับสนุนศาสนาที่ขัดต่อรัฐธรรมนูญ พระศาสนจักรคาทอลิกไม่ได้ออกเอกสารหรือให้คำสอนเฉพาะเจาะจงใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับการออกแบบอย่างชาญฉลาด พระศาสนจักรยังไม่ได้สนับสนุนให้คณะกรรมการโรงเรียนสอนทฤษฎีนี้ในชั้นเรียนชีววิทยาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายของรัฐ คาทอลิกมีอิสระที่จะเชื่อว่าพระเจ้าทรงสร้างโลกด้วยวิธีนี้ และสามารถพบหลักฐานการมีอยู่ของพระเจ้าได้ผ่านข้อโต้แย้งเรื่องการออกแบบอย่างชาญฉลาด

อย่างไรก็ตาม ภายในชุมชนคาทอลิกมีความขัดแย้งเกี่ยวกับคุณค่าของข้อโต้แย้งนี้ ในขณะที่ชาวคาทอลิกบางคนเช่นบีฮีสนับสนุนทฤษฎีนี้ แต่คาทอลิกคนอื่นๆ โต้แย้งว่ามันแสดงถึงมุมมองทางกลไกของธรรมชาติซึ่งไม่สอดคล้องกับมุมมองแบบดั้งเดิมของนักบุญโทมัส อไควนัส พวกเขาอ้างว่านักบุญอไควนัสมองว่าธรรมชาติถูกชี้นำโดยรวมไปสู่จุดจบหรือเป้าหมายอันชาญฉลาด ด้วยเหตุนี้ จึงไม่มีเหตุผลใดที่พระเจ้าจะต้องเข้ามาแทรกแซงและสร้างชิ้นส่วนทางธรรมชาติบางอย่างที่ประกอบขึ้นเป็นโลกโดยเฉพาะ

ในปี ค.ศ. 2004 คณะกรรมาธิการเทววิทยานานาชาติ ซึ่งนำโดยพระคาร์ดินัล โยเซฟ รัตซิงเงอร์ในขณะนั้น ได้ออกแถลงการณ์เกี่ยวกับคำถามเรื่องต้นกำเนิดซึ่งอ้างอิงถึงทฤษฎีการออกแบบอย่างชาญฉลาดว่า มีนักวิจารณ์ทางวิทยาศาสตร์ต่อทฤษฎีดาร์วินใหม่จำนวนมากขึ้นเรื่อยๆ ที่ชี้ให้เห็นถึงหลักฐานของการออกแบบ เช่น โครงสร้างทางชีววิทยาที่แสดงความซับซ้อนที่เจาะจง ซึ่งในมุมมองของพวกเขาไม่สามารถอธิบายได้ด้วยกระบวนการที่บังเอิญอย่างแท้จริง และพวกนักดาร์วินใหม่ได้เพิกเฉยหรือตีความผิดไป แก่นแท้ของความขัดแย้งที่มีชีวิตชีวาในปัจจุบันนี้เกี่ยวข้องกับการสังเกตและการสรุปทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับข้อมูลที่มีอยู่ว่าสนับสนุนการอนุมานเรื่องการออกแบบหรือเรื่องความบังเอิญ และไม่สามารถยุติลงได้ด้วยเทววิทยา