ภาวะกลืนไม่เข้าคายไม่ออกประการหนึ่งที่เกิดขึ้นในชีวจริยธรรมคือการใช้งานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับวิธีการที่ผิดศีลธรรมหรือถึงขั้นชั่วร้าย ตัวอย่างเช่น นักวิทยาศาสตร์ต้องต่อสู้กับคำถามที่ว่าจะทำอย่างไรกับงานวิจัยทางการแพทย์ที่รวบรวมไว้ในค่ายกักกันของนาซีซึ่งสามารถให้ข้อมูลเชิงลึกอันมีค่าได้ เช่น เทคนิคการให้ความอบอุ่นซ้ำที่มีประสิทธิภาพสำหรับเหยื่อที่อุณหภูมิร่างกายลดต่ำลงผิดปกติ ซึ่งได้รับการพัฒนาโดยการแช่นักโทษในน้ำเย็นจัดจนหมดสติ เมื่อพูดถึงวัคซีน ภาวะกลืนไม่เข้าคายไม่ออกก็เกิดขึ้นเมื่อพิจารณาว่าวัคซีนบางชนิดเกิดขึ้นจากการทดลองกับทารกในครรภ์ที่ถูกทำแท้ง

เพื่อที่จะสร้างวัคซีนต้านไวรัสชนิดใดชนิดหนึ่ง นักวิทยาศาสตร์จะสร้างเซลล์เพาะเลี้ยง (cell lines) หรือเซลล์ใหม่ที่มีไวรัสบรรจุอยู่ บางครั้งนักวิทยาศาสตร์จะสร้างสภาวะที่ทำให้ไวรัสอ่อนแอลง เช่น การเก็บเซลล์เพาะเลี้ยงไว้ในสภาพแวดล้อมที่มีอุณหภูมิต่ำกว่าร่างกายมนุษย์ สิ่งนี้ช่วยให้มนุษย์ที่สัมผัสกับมันสามารถพัฒนาภูมิคุ้มกันได้โดยไม่ต้องทนทุกข์ทรมานจากอาการที่เกี่ยวข้องกับโรคที่ไวรัสนั้นก่อให้เกิด

อย่างไรก็ตาม เซลล์เพาะเลี้ยงบางส่วนที่นักวิทยาศาสตร์ใช้สำหรับกระบวนการทำวัคซีนนั้นมาจากทารกในครรภ์ที่ถูกทำแท้ง ในช่วงทศวรรษที่ 1960 เกิดโรคหัดเยอรมันระบาดไปทั่วยุโรปและสหรัฐอเมริกา สตรีมีครรภ์ที่ติดเชื้อไวรัสมักจะให้กำเนิดทารกที่เป็นต้อกระจกและมีความพิการแต่กำเนิดอื่นๆ สตรีมีครรภ์บางคนตัดสินใจทำแท้งบุตรของตนแทนที่จะให้พวกเขากำเนิดมาพร้อมกับความพิการเหล่านี้ ทารกในครรภ์ที่ถูกทำแท้งคนหนึ่งถูกส่งไปยัง สแตนลีย์ พลอตคิน แห่งสถาบันวิสตาร์ในฟิลาเดลเฟีย ซึ่งได้แยกไวรัสออกมาจากไตของทารก

เซลล์เพาะเลี้ยงที่ใช้สร้างวัคซีนหัดเยอรมันในปัจจุบันคือสำเนาของเซลล์ที่เคยมีอยู่ในทารกที่ถูกทำแท้ง เซลล์สมัยใหม่เหล่านี้ไม่เคยเป็นส่วนหนึ่งของทารกในครรภ์ และวัคซีนไม่ได้มี “ชิ้นส่วน” ของทารกที่ถูกทำแท้ง แต่เช่นเดียวกับประโยชน์ที่ได้รับจากงานวิจัยที่ผิดจริยธรรมของนาซี งานวิจัยของพลอตคินเกี่ยวข้องกับการกระทำที่ไม่เป็นธรรมในการฆ่าผู้บริสุทธิ์ สิ่งนี้ทำให้เกิดภาวะกลืนไม่เข้าคายไม่ออกทางจริยธรรมว่าเซลล์เพาะเลี้ยงที่ได้จากงานวิจัยของเขา ซึ่งปัจจุบันเรียกว่า WI-38 สามารถนำมาใช้สร้างวัคซีนอย่างถูกต้องตามกฎเกณฑ์ได้หรือไม่ แม้ว่าวัคซีนบางชนิดที่ได้จากทารกที่ถูกทำแท้งจะสามารถถูกทดแทนด้วยทางเลือกอื่นทางจริยธรรมที่ได้จากสายพันธุ์ไวรัสอื่นได้ แต่ในขณะนี้ยังไม่มีวัคซีนทางเลือกอื่นสำหรับโรคหัดเยอรมัน อีสุกอีใส หรือไวรัสตับอักเสบเอ

พระศาสนจักรคาทอลิกได้ตัดสินว่าผลดีของการปกป้องสาธารณชนจากโรคร้ายแรงนั้นมีน้ำหนักมากกว่าความชั่วร้ายที่เกี่ยวข้องกับสายพันธุ์วัคซีนอย่าง WI-38 สมณสถาบันเพื่อชีวิต (Pontifical Academy for Life) ได้ระบุไว้ในจดหมายปี 2005 ว่า ความชอบธรรมในการใช้วัคซีนเหล่านี้ไม่ควรถูกตีความผิดว่าเป็นการประกาศถึงความชอบธรรมในการผลิต การตลาด และการใช้งานของพวกมัน แต่ควรเป็นที่เข้าใจว่าเป็นการให้ความร่วมมือทางวัตถุแบบตั้งรับ และในความหมายที่อ่อนที่สุดและห่างไกลที่สุด ก็ถือเป็นการให้ความร่วมมือแบบเชิงรุกด้วย ซึ่งมีความชอบธรรมทางศีลธรรมในฐานะทางเลือกสุดท้ายเนื่องจากความจำเป็นที่จะต้องจัดหาสิ่งที่ดีสำหรับบุตรหลานของตนและประชาชนที่สัมผัสกับเด็ก นั่นคือสตรีมีครรภ์

พระศาสนจักรคาทอลิกไม่ได้ต่อต้านการใช้วัคซีน และยืนยันฉันทามติทางวิทยาศาสตร์ที่ว่าวัคซีนเป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพในการต่อสู้กับโรคติดเชื้อ พระศาสนจักรถึงกับมีข้อผูกมัดให้บิดามารดาใช้วัคซีนเมื่อมีความถูกต้องตามหลักจริยธรรมและศีลธรรม เพื่อปกป้องบุตรหลานของตนจากอันตราย อย่างไรก็ตาม พระศาสนจักรตระหนักดีว่ามีความร่วมมือทางวัตถุที่ห่างไกลกับความชั่วร้ายเกิดขึ้นเมื่อใช้วัคซีนที่ได้จากทารกที่ถูกทำแท้ง เนื่องจากชาวคาทอลิกที่มีมโนธรรมไม่ได้กระทำการด้วยเจตนาที่จะทำให้เกิดการทำแท้งต่อไป หรือสิ่งที่เรียกว่าการให้ความร่วมมืออย่างเป็นทางการ พระศาสนจักรจึงอนุญาตให้ใช้วัคซีนเนื่องจากความชั่วร้ายอันใหญ่หลวงที่จะเกิดขึ้นหากไม่ใช้วัคซีน

แม้ว่าพระศาสนจักรจะกำหนดหน้าที่ผูกพันทางศีลธรรมอย่างหนักให้ชาวคาทอลิกใช้วัคซีนที่ไม่ได้มาจากทารกในครรภ์ที่ถูกทำแท้ง แต่หากเป็นไปไม่ได้ พวกเขาก็สามารถใช้วัคซีนที่มีต้นกำเนิดจากทารกที่ถูกทำแท้งได้อย่างมีจริยธรรม อย่างไรก็ตาม ขอแนะนำให้บิดามารดาร้องเรียนต่อผู้ให้บริการวัคซีนในฐานะของการ “คัดค้านโดยอ้างมโนธรรม” ด้วยความหวังว่าจะมีการพัฒนาทางเลือกอื่นที่มีจริยธรรมมากขึ้นในอนาคต