ข้อโต้แย้งแบบ "พระเจ้าอุดช่องโหว่" อ้างว่าลักษณะของโลกธรรมชาติที่ยังไม่มีใครทราบในปัจจุบันคือข้อพิสูจน์ว่าพระเจ้าทรงดำรงอยู่ เพราะพระองค์ทรงเป็นต้นเหตุของลักษณะนั้น ตัวอย่างเช่น คนโบราณที่ไม่รู้ว่าอะไรทำให้เกิดฟ้าแลบอาจสันนิษฐานว่าเทพเจ้าเป็นผู้ทำให้เกิดขึ้นเพื่อลงโทษมนุษยชาติ ข้อโต้แย้งสำหรับการมีอยู่ของพระเจ้าในลักษณะนี้เพิกเฉยต่อความจริงที่ว่า คำอธิบายทางธรรมชาติที่เหมาะสมสำหรับปรากฏการณ์ที่เราสังเกตเห็นอาจถูกค้นพบในท้ายที่สุด และเราจะพลาดสิ่งนั้นไปหากเรารีบด่วนสรุปว่า "พระเจ้าเป็นผู้กระทำ"

สิ่งนี้เคยเกิดขึ้นเมื่อ ไอแซก นิวตัน กล่าวว่าคำอธิบายที่ดีที่สุดสำหรับการเคลื่อนที่ของดาวเคราะห์ก็คือสิ่งมีชีวิตทรงภูมิปัญญาหรือแม้แต่ทูตสวรรค์เป็นผู้ผลักดันพวกมัน ปัจจุบันเราต้องระวังข้อโต้แย้งที่คล้ายคลึงกันซึ่งอ้างว่าลักษณะบางอย่างของเซลล์มนุษย์ หรืออวัยวะบางอย่าง ไม่สามารถเกิดขึ้นได้ด้วยวิธีการทางธรรมชาติ ดังนั้นจึงจำเป็นต้องมีคำอธิบายเหนือธรรมชาติ หากมีการค้นพบคำอธิบายทางธรรมชาติสำหรับสิ่งที่เราไม่สามารถอธิบายได้ หลักฐานของเราเกี่ยวกับพระเจ้าก็จะหายไปเมื่อช่องโหว่ในความเข้าใจของเราถูกปิดลงด้วยการค้นพบทางวิทยาศาสตร์

วิทยาศาสตร์ไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าพระเจ้าทรงดำรงอยู่เพียงแค่ชี้ไปที่ปรากฏการณ์ทางธรรมชาติที่มนุษย์ยังไม่สามารถอธิบายได้ในปัจจุบัน แต่วิทยาศาสตร์ก็ไม่สามารถหักล้างการมีอยู่ของพระเจ้าได้เช่นกัน เพราะวิทยาศาสตร์ไม่สามารถตัดสินเกี่ยวกับสิ่งต่างๆ ที่ดำรงอยู่นอกเหนือโลกธรรมชาติได้

แล้ววิทยาศาสตร์เกี่ยวข้องกับพระเจ้าอย่างไร นักบุญโทมัส อไควนัส ได้มอบแบบจำลองความสัมพันธ์ดั้งเดิมระหว่างวิทยาศาสตร์กับการใช้เหตุผลเพื่อพิสูจน์การดำรงอยู่ของพระเจ้า หรือสิ่งที่เรียกว่าเทววิทยาธรรมชาติ (natural theology) ให้แก่เรา นักบุญอไควนัสใช้ข้อเท็จจริงทางวิทยาศาสตร์ เช่น การปรากฏของการเปลี่ยนแปลง หรือความสม่ำเสมอของการเคลื่อนที่ภายในวัตถุทางธรรมชาติ มาเป็นข้อตั้งในข้อโต้แย้งทางปรัชญาเพื่อพิสูจน์การมีอยู่ของพระเจ้า

หนังสือคำสอนระบุว่าการค้นพบทางวิทยาศาสตร์ควร "เชิญชวนเราให้ชื่นชมในความยิ่งใหญ่ของพระผู้เนรมิตสร้างมากยิ่งขึ้น" เราควรใช้ความรู้เกี่ยวกับความเป็นไปของโลก หรือสิ่งที่เราเรียกว่าวิทยาศาสตร์ เพื่อเป็นรากฐานสำหรับข้อโต้แย้งทางปรัชญาเกี่ยวกับพื้นฐานความเชื่อของเรา รวมถึงความจริงพื้นฐานที่ว่าพระเจ้าทรงเนรมิตสร้างจักรวาล เราสามารถใช้ข้อโต้แย้งเหล่านี้เพื่อแสดงให้เห็นว่าโลกมีจุดกำเนิดที่อยู่นอกเหนือตัวมันเองและมีระเบียบทางศีลธรรมอยู่ภายในตัวมันเอง ซึ่งเป็นข้อเท็จจริงที่วิทยาศาสตร์ไม่สามารถอธิบายได้