ในช่วงฤดูร้อนปี ค.ศ. 1859 เจ้าอาวาสผู้น่าเคารพเริ่มแสดงให้เห็นว่าเรี่ยวแรงของท่านใกล้จะหมดลงแล้ว มีคนได้ยินท่านอุทานซ้ำแล้วซ้ำเล่าว่า อนิจจา คนบาปจะฆ่าคนบาปเสียแล้ว

วันศุกร์ที่ 29 กรกฎาคม หลังจากใช้เวลาสิบหกถึงสิบเจ็ดชั่วโมงในที่ฟังแก้บาปตามปกติ ท่านกลับมาที่บ้านพักด้วยความเหนื่อยล้าอย่างที่สุด ท่านทรุดตัวลงบนเก้าอี้และกล่าวว่า พ่อทำไม่ไหวอีกแล้ว พระสงฆ์ที่เห็นท่านจึงรีบพาท่านไปนอนพักที่เตียงทันที เช้าวันรุ่งขึ้น อาการป่วยของท่านหนักมากจนทุกคนเกรงว่าจะถึงวาระสุดท้าย ในหมู่บ้านและในหมู่ผู้มาเยือนอาร์สจำนวนมากต่างรู้สึกโศกเศร้าอย่างยิ่ง เป็นเวลาสามวันที่วัดเนืองแน่นไปด้วยสัตบุรุษที่มาสวดภาวนาขออย่าให้เจ้าอาวาสของพวกเขาถูกพรากไป

เจ้าอาวาสไม่ได้สวดภาวนาร่วมกับสัตบุรุษของท่าน เพราะท่านรู้สึกว่าวาระสุดท้ายของท่านกำลังใกล้เข้ามา เย็นวันศุกร์ท่านได้รับศีลศักดิ์สิทธิ์ประการสุดท้าย ท่านหลั่งน้ำตาแห่งความรักเมื่อได้รับศีลเสบียงและเมื่อรับศีลเจิมคนไข้ ท่านอวยพรผู้ที่อยู่ ณ ที่นั้นรวมถึงสัตบุรุษทั้งเขตวัดของท่านเป็นครั้งสุดท้าย เช้าวันพุธท่านยิ้มรับการทักทายจากพระสังฆราชของท่านที่รีบรุดมาที่ข้างเตียง วันพฤหัสบดีที่ 4 สิงหาคม เวลาตีสอง ขณะที่อับเบ มงแน็ง เพื่อนและผู้ช่วยของท่านกำลังสวดภาวนาสำหรับผู้ใกล้ตายและเพิ่งจะเอ่ยคำว่า ขอให้บรรดาทูตสวรรค์ศักดิ์สิทธิ์ของพระเจ้าออกมาต้อนรับท่านและนำท่านเข้าสู่นครเยรูซาเล็มแห่งสวรรค์ วิญญาณอันเปี่ยมด้วยความรักก็ออกจากร่างที่อ่อนแอของท่าน เพื่อไปรับการต้อนรับเบื้องพระพักตร์พระอาจารย์เจ้า ผู้ซึ่งท่านได้รับใช้มาอย่างยาวนานและซื่อสัตย์ ดังที่เราหวังด้วยความศรัทธา

ข่าวการจากไปของเจ้าอาวาสผู้แสนดีถูกแจ้งให้ชุมชนที่กำลังโศกเศร้าทราบทันที พิธีฝังศพจัดขึ้นในวันเสาร์ของสัปดาห์นั้น มีผู้เข้าร่วมพิธีเกือบหกพันคน ซึ่งหลายคนเดินทางมาจากแดนไกล พระสงฆ์สามร้อยรูปร่วมเดินตามร่างของท่านไปยังหลุมศพ พระสังฆราชแห่งเบลลีย์ได้เลือกบทอ่านสำหรับบทเทศน์ไว้อาลัยจากบทสวดทำวัตรฉลองนักบุญและมหาพรตว่า ดีมาก เจ้าเป็นผู้รับใช้ที่ดีและซื่อสัตย์ จงเข้าสู่ความปีติยินดีของนายของเจ้าเถิด ทุกคนที่อยู่ ณ ที่นั้นเข้าใจถึงความรู้สึกที่ทำให้ทรงเลือกบทอ่านนี้ และเชื่อมั่นว่าความหวังของพวกเขาจะไม่สูญเปล่า

นานๆ ครั้งกระบวนการประกาศเป็นนักบุญจะเริ่มต้นขึ้นอย่างรวดเร็วเช่นเดียวกับกรณีของคุณพ่อยอห์น บัปติสต์ เวียนเนย์ เวลาผ่านไปไม่ถึงสี่สิบห้าปีนับตั้งแต่ร่างของผู้ล่วงลับถูกฝังไว้ใต้ธรรมาสน์ในวัดประจำเผ่นดินของท่าน สันตะสำนักก็ประกาศการตัดสินใจอนุญาตให้เริ่มกระบวนการพิจารณาเป็นนักบุญ

เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม ค.ศ. 1874 สมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 9 หลังจากได้ตรวจสอบงานเขียนต่างๆ และบันทึกชีวประวัติที่เกี่ยวข้องกับผู้ล่วงลับซึ่งตีพิมพ์โดยผู้ร่วมสมัยที่เชื่อถือได้ ก็ได้นาม "ผู้รับใช้ที่น่าเคารพของพระเจ้า" ให้แก่เจ้าอาวาสผู้ถ่อมตน วันที่ 21 มิถุนายน ค.ศ. 1896 สมเด็จพระสันตะปาปาลีโอที่ 13 ทรงเป็นประธานในการประชุมครั้งสุดท้ายของคณะกรรมการ เพื่อตัดสินคุณงามความดีอันศักดิ์สิทธิ์ของเจ้าอาวาสผู้น่าเคารพ พระคาร์ดินัลปารอคคีได้ประกาศข้อสรุปอันเป็นที่น่าพอใจซึ่งทุกคนรอคอย วันที่ 1 สิงหาคมปีเดียวกันนั้น สมเด็จพระสันตะปาปาลีโอที่ 13 ได้ออกสมณกฤษฎีกาเพื่อประกาศเกียรติคุณแด่เจ้าอาวาสแห่งอาร์สผู้ถ่อมตน และแสดงความชื่นชมส่วนพระองค์ต่อคุณธรรมอันสูงส่งของท่าน

เจ็ดปีต่อมา ในปี ค.ศ. 1903 สมเด็จพระสันตะปาปาองค์เดียวกันทรงเรียกประชุมคณะกรรมการเพื่อพิจารณาคำให้การและรายงานเกี่ยวกับปาฏิหาริย์ที่เกิดขึ้นที่หลุมศพของผู้ล่วงลับ แต่ทว่าการประชุมนี้ไม่ได้จัดขึ้น เพราะในวันที่กำหนดไว้ สมเด็จพระสันตะปาปาผู้น่าเคารพทรงประชวรหนักจนใกล้สิ้นพระชนม์ และหลังจากนั้นไม่นาน คือในวันที่ 20 กรกฎาคมของปีนั้น โลกคาทอลิกก็ต้องโศกเศร้ากับการจากไปของผู้นำทางจิตวิญญาณ

อย่างไรก็ตาม เกียรติอันน่ายินดีที่จะได้ยกย่องเจ้าอาวาสชนบทผู้ถ่อมตนนั้น พระเจ้าทรงสงวนไว้สำหรับผู้ที่เคยเป็นเพียงเจ้าอาวาสชนบทธรรมดามาก่อน ในวันที่ 4 สิงหาคม ค.ศ. 1903 ในเวลาเดียวกับที่เมืองอาร์สกำลังเฉลิมฉลองมิสซาสง่าในวันครบรอบสี่สิบสี่ปีแห่งมรณกรรมของคุณพ่อยอห์น บัปติสต์ เวียนเนย์ พิธีการอันศักดิ์สิทธิ์อีกงานหนึ่งก็กำลังเกิดขึ้นที่กรุงโรม นั่นคือการเลือกตั้งอดีตเจ้าอาวาสหมู่บ้านซัลซาโน ซึ่งต่อมาคือพระคาร์ดินัลซาร์โต พระอัยกาแห่งเวนิส ขึ้นเป็นสมเด็จพระสันตะปาปา ซึ่งทรงเลือกพระนามว่า ปิอุสที่ 10

วันที่ 26 มกราคม ค.ศ. 1904 พระสันตะปาปาองค์ใหม่ทรงเป็นประธานในการประชุมคณะพระคาร์ดินัล ซึ่งอดีตพระสันตะปาปาองค์ก่อนตั้งพระทัยไว้ว่าจะทรงเป็นประธาน มีการเสนอสองกรณีโดยเฉพาะให้พิจารณา กรณีแรก คือการหายป่วยอย่างกะทันหันของเด็กหญิงอเดเลด โจลี และอีกกรณีคือของหนูน้อยลีโอ รูสซาต ในปี ค.ศ. 1862 ลีโอต้องถูกพาไปที่หลุมศพของอดีตเจ้าอาวาสหลังจากมีอาการลมชักอย่างรุนแรง แขนข้างหนึ่งของเขาห้อยต่องแต่งเป็นอัมพาต เขาพูดไม่ได้ และหายใจลำบากมากจนไม่สามารถกลืนน้ำลายได้ หลังจากใช้เวลาสวดภาวนาที่หลุมศพของเจ้าอาวาสเพียงครู่เดียว เขาก็ถูกพาตัวออกมา มือที่เคยเป็นอัมพาตกลับสามารถให้ทานแก่คนยากจนได้ และเด็กชายก็กลับมาใช้แขนขาได้และเดินไปมาได้ เมื่อสิ้นสุดการสวดนพวาร เขาก็สามารถพูดได้โดยไม่มีปัญหาอีก

ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1861 เด็กหญิงอเดเลด ซึ่งมีเนื้องอกร้ายที่แขน แพทย์ในโรงพยาบาลที่ลียงได้ยอมแพ้และบอกว่ารักษาไม่หายแล้ว ญาติคนหนึ่งของเธอซึ่งมีผ้าลินินชิ้นหนึ่งที่เคยเป็นของคุณพ่อเจ้าอาวาสแห่งอาร์ส ได้นำมาวางไว้บนแขนข้างที่ป่วย พวกเขาสวดวิงวอนขอให้ผู้รับใช้ที่น่าเคารพของพระเจ้าช่วยอ้อนวอนเพื่อบรรเทาความทุกข์ทรมานของเด็กหญิง ท่ามกลางความประหลาดใจของแพทย์ อาการบวมลดลงอย่างรวดเร็วในเวลาไม่กี่ชั่วโมง และแขนก็กลับสู่สภาพปกติ

หลังจากที่คณะพระคาร์ดินัลได้ให้ความเห็นชอบเกี่ยวกับลักษณะอันเป็นปาฏิหาริย์ของการรักษาเหล่านี้ สมณกฤษฎีกาลงวันที่ 21 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1904 ก็ได้ประกาศว่าข้อเท็จจริงเหล่านี้ได้รับการยืนยันอย่างเพียงพอที่จะพิสูจน์ความชอบธรรมในการประกาศให้ชายผู้น่าเคารพท่านนี้เป็นนักบุญ

พระสันตะปาปาทรงแสดงความปีติยินดีอย่างเต็มที่เมื่อทรงสามารถรับผู้ที่พระองค์ตรัสว่า เป็นแบบอย่างที่เปล่งประกายสำหรับพระองค์มาหลายปี เข้าสู่ทำเนียบของเหล่านักบุญ