เช่นเดียวกับสงครามครูเสด "ศาลไต่สวนศาสนา" (Inquisition) มักถูกหยิบยกขึ้นมาเป็นตัวอย่างของความรุนแรงและความไม่ขันติของคริสตชน โดยมีหลายกลุ่มกล่าวอ้างว่ามีบรรพบุรุษจำนวนมากที่ต้องทนทุกข์ทรมานเพราะศาลนี้ และเช่นเดียวกับสงครามครูเสด หัวข้อเรื่องศาลไต่สวนศาสนานั้นมีความซับซ้อนและมักถูกเข้าใจผิดอยู่บ่อยครั้ง

ศาลไต่สวนศาสนาไม่ได้มีเพียงศาลเดียวแต่มีหลายศาล และพวกมันทำงานในช่วงเวลาที่ต่างกันในประเทศต่างๆ วัตถุประสงค์พื้นฐานของศาลไต่สวนศาสนาคือการปกป้องประชาคมผู้มีความเชื่อคริสตชนคาทอลิก เมื่อมีรายงานว่าผู้ที่อ้างตัวว่าเป็นคาทอลิกกำลังแอบปฏิบัติและเผยแพร่ความคิดที่ขัดต่อความเชื่อ เมื่อมีรายงานดังกล่าวเกิดขึ้น จะต้องมีการสืบสวนว่าเรื่องนั้นเป็นความจริงหรือไม่ ดังนั้นจึงมีการจัดตั้งการไต่สวนขึ้น

ศาลไต่สวนไม่ได้มุ่งเป้าไปที่ผู้ที่ไม่ใช่คาทอลิก พวกเขาทำการสืบสวนเฉพาะบุคคลที่ประกาศตนว่าเป็นคาทอลิกแต่มีรายงานว่ากระทำตนขัดต่อความเชื่อเท่านั้น ซึ่งอาจรวมถึงผู้ที่มีส่วนร่วมในพิธีกรรมนอกศาสนา รวมถึงเวทมนตร์ หรือผู้ที่มีความคิดล่วงหน้าไปถึงบางสิ่งที่ต่อมาจะปรากฏในนิกายโปรเตสแตนต์

ศาลไต่สวนในประวัติศาสตร์มีความแตกต่างกันในแง่ของแนวทาง หลายแห่งมีความรุนแรงน้อยกว่าศาลทางโลกในยุคเดียวกัน (อันที่จริง มีบันทึกของผู้คนที่ยอมทำผิดฐานหมิ่นประมาทพระเจ้า เพื่อจะได้ย้ายคดีของตนไปขึ้นศาลของศาสนจักรที่มีความรุนแรงน้อยกว่า) แต่บางครั้งพวกเขาก็ใช้เทคนิคที่ในปัจจุบันถือว่าโหดร้าย หากพบว่ามีความผิดและไม่ยอมกลับใจ หรือหากพวกเขากลับไปทำผิดซ้ำหลังจากที่ได้กลับใจแล้ว พวกเขาก็อาจถูกตัดสินประหารชีวิต โดยการลงโทษประหารชีวิตนั้นจะดำเนินการโดยตัวแทนของรัฐ

สิ่งนี้ช่างแตกต่างอย่างมากกับวิธีที่เราจัดการกับสิ่งต่างๆ ในประชาธิปไตยเสรีนิยมในปัจจุบัน แต่มาตรการเหล่านี้ถูกมองว่าจำเป็นเพื่อปกป้องประชาคม นอกรีตสามารถฆ่าวิญญาณได้ ซึ่งแย่กว่าการฆ่าร่างกาย ดังนั้นแนวคิดในขณะนั้นจึงมองว่า หากการประหารชีวิตฆาตกรเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อปกป้องประชาคม การประหารชีวิตผู้ที่เผยแพร่ความนอกรีตก็เป็นสิ่งจำเป็นเช่นกัน

เพื่อไม่ให้เข้าใจว่านี่คือแนวทางที่เป็นเอกลักษณ์ของคาทอลิกเท่านั้น ควรชี้ให้เห็นว่าสิ่งเหล่านี้ได้เกิดขึ้นในทุกวัฒนธรรม โลกใบนี้เป็นสถานที่ที่เต็มไปด้วยความรุนแรง และบรรพบุรุษของทุกคนต่างก็มีเลือดเปื้อนมือด้วยกันทั้งสิ้น คนนอกศาสนาเคยเบียดเบียนคริสตชน เช่นในยุคแห่งการเป็นมรณสักขี ชาวโปรเตสแตนต์เคยเผาแม่มดและประหารชีวิตมรณสักขีชาวคาทอลิก ชาวมุสลิมเคยสังหารผู้ที่ละทิ้งศาสนาอิสลาม และรัฐที่ยึดมั่นในอุดมการณ์ไร้พระเจ้า เช่น รัสเซียโซเวียตและจีนคอมมิวนิสต์ ก็เคยเบียดเบียนและสังหารผู้คนที่มีความเชื่อทางศาสนาเช่นกัน

ทั้งหมดนี้ไม่ใช่เพื่อเป็นการแก้ตัวหรือกวาดการกระทำของศาลไต่สวนคาทอลิกต่างๆ ซุกไว้ใต้พรม แต่เป็นการชี้ให้เห็นว่าสิ่งเหล่านี้ไม่ใช่สิ่งที่เกิดขึ้นเฉพาะในศาสนาคาทอลิกเท่านั้น

ประเด็นอื่นคือจำนวนผู้คนที่ถูกระบุว่าได้รับผลกระทบ ตัวเลขนี้ไม่ควรถูกกล่าวเกินจริงหรือลดทอนลง แต่ควรได้รับการปฏิบัติอย่างมีวัตถุประสงค์โดยอาศัยหลักฐานทางประวัติศาสตร์

มักมีการอ้างว่าศาลไต่สวนได้สังหารผู้คนไปหลายล้านคน แท้จริงแล้ว แม่มดและกลุ่มนีโอพากันมักจะอ้างว่าบรรพบุรุษของพวกเขาเพียงกลุ่มเดียวก็ถูกสังหารไปหลายล้านคนแล้ว อย่างไรก็ตาม ตัวเลขนี้ไม่ถูกต้อง ไมเคิล เบลีย์ นักประวัติศาสตร์ด้านแม่มดเขียนไว้ว่า "จำนวนรวมของผู้ที่ถูกประหารชีวิตอย่างถูกกฎหมายในข้อหาแม่มดทั่วยุโรปในช่วงสามศตวรรษของการล่าแม่มดครั้งใหญ่ น่าจะอยู่ระหว่าง 40,000 ถึง 50,000 คน" ซึ่งตัวเลขนี้รวมถึงผู้ที่ถูกประหารชีวิตโดยอำนาจของทั้งฝ่ายโปรเตสแตนต์และคาทอลิกด้วย

แต่แม้ว่าตัวเลขที่ถูกต้องจะมีความสำคัญต่อการประเมินขนาดของความรุนแรงในประวัติศาสตร์ แต่คำถามสูงสุดก็ไม่ใช่ว่ามีผู้คนจำนวนเท่าใดที่ถูกสังหารโดยบรรพบุรุษทางกายภาพหรือทางปัญญาของใคร บุคคลผู้กระทำการเหล่านี้ต่างหากที่ต้องแบกรับความรับผิดชอบในสิ่งที่พวกเขาได้ทำลงไป ผู้คนในปัจจุบันไม่ต้องรับผิดชอบ เว้นแต่ว่าพวกเขาจะสนับสนุนการกระทำเหล่านั้น

แล้วทัศนคติของพระศาสนจักรคาทอลิกต่อเรื่องเหล่านี้คืออะไร

พระศาสนจักรตระหนักว่าในอดีต แม้ว่าพระศาสนจักรจะ "สอนหน้าที่แห่งความเมตตาและความกรุณา" มาโดยตลอด แต่บรรดาอภิบาลของพระศาสนจักรก็เคยนิ่งเฉยเมื่อรัฐบาลใช้ "การปฏิบัติที่โหดร้าย" ซึ่งไม่ได้ "จำเป็นต่อความสงบเรียบร้อยของสาธารณชน [หรือ] สอดคล้องกับสิทธิที่ชอบด้วยกฎหมายของมนุษย์อย่างแท้จริง" และบ่อยครั้งพวกเขายัง "นำข้อกำหนดของกฎหมายโรมันเกี่ยวกับการทรมานมาใช้ในศาลของตนเองด้วยซ้ำ" (CCC 2298) ดังนั้นในปัจจุบัน พระศาสนจักรจึงประณามการทรมาน (2297) และปฏิเสธการปฏิบัติโทษประหารชีวิต (2267)