ในช่วงยุคกลาง วิทยาศาสตร์ถูกนิยามว่าเป็น “ความรู้ของสิ่งต่างๆ จากสาเหตุของมัน” ภายใต้นิยามของนักบุญโทมัส อไควนัส แม้แต่เทววิทยาก็ถือเป็นวิทยาศาสตร์แขนงหนึ่ง เพราะมันเกี่ยวข้องกับการแสวงหาความรู้ (ภาษาละตินคือ sciencia) อย่างไรก็ตาม หลังจากผลงานของนักคิดสมัยใหม่เช่น ไอแซก นิวตัน และ กาลิเลโอ กาลิเลอี แนวคิดเรื่อง “วิทยาศาสตร์” ก็ถูกจำกัดวงให้แคบลงเพื่อรองรับสิ่งที่ครั้งหนึ่งเคยถูกเรียกว่าปรัชญาธรรมชาติ หรือวิทยาศาสตร์ธรรมชาติ ในปี ค.ศ. 1837 วิลเลียม วีเวลล์ ได้บัญญัติคำว่านักวิทยาศาสตร์ขึ้นมาเพื่อใช้อธิบายถึงบุคคลผู้แสวงหาคำอธิบายอย่างเป็นระบบสำหรับปรากฏการณ์ที่สังเกตได้

วิทยาศาสตร์เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์เมื่อพูดถึงการทำความเข้าใจโลก แต่มันก็ไม่ใช่เครื่องมือเพียงชิ้นเดียวที่เราใช้เพื่อทำความเข้าใจโลก เช่นเดียวกับที่ค้อนไม่ใช่เครื่องมือเพียงชิ้นเดียวที่คุณใช้ในการสร้างบ้าน อันตรายที่เราเผชิญอยู่ในปัจจุบันคือทั้งนักวิทยาศาสตร์มืออาชีพและฆราวาสจำนวนมากต่างพึ่งพาวิทยาศาสตร์ให้เป็นผู้ตัดสินความจริงเพียงผู้เดียว นักฟิสิกส์ สตีเฟน ฮอว์คิง และ ลีโอนาร์ด มลอดินอฟ เขียนไว้ในหนังสือ The Grand Design ปี ค.ศ. 2009 ของพวกเขาว่า ธรรมชาติของความเป็นจริงคืออะไร ทั้งหมดนี้มาจากไหน จักรวาลจำเป็นต้องมีผู้เนรมิตสร้างหรือไม่ ตามธรรมเนียมแล้ว คำถามเหล่านี้เป็นคำถามสำหรับปรัชญา แต่ปรัชญาได้ตายไปแล้ว ปรัชญาตามไม่ทันการพัฒนาสมัยใหม่ทางวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งฟิสิกส์ นักวิทยาศาสตร์ได้กลายเป็นผู้ถือคบเพลิงแห่งการค้นพบในการแสวงหาความรู้ของเรา

แต่คบเพลิงแห่งวิทยาศาสตร์ไม่สามารถส่องสว่างให้เห็นคำตอบสำหรับทุกคำถามที่เรามีเกี่ยวกับโลกได้ ตัวอย่างเช่น วิทยาศาสตร์ต้องพึ่งพาปรัชญาเพื่อให้รู้ว่าแท้จริงแล้ววิทยาศาสตร์คืออะไร วิทยาศาสตร์ทำงานอย่างไร และสิ่งใดที่นับว่าเป็นวิทยาศาสตร์ ปรัชญานี่เองที่ช่วยแยกแยะวิทยาศาสตร์ที่ถูกต้องอย่างดาราศาสตร์และเคมี ออกจากวิทยาศาสตร์เทียมอย่างโหราศาสตร์และการเล่นแร่แปรธาตุ วิทยาศาสตร์ยังต้องพึ่งพาสมมติฐานทางปรัชญาที่ว่าโลกดำเนินไปภายใต้กฎทางวิทยาศาสตร์ที่เหมือนกันทั่วทั้งจักรวาล และเป็นเหมือนกันทั้งเมื่อวานและพรุ่งนี้ ไม่มีการทดลองใดที่สามารถตรวจสอบความถูกต้องของสมมติฐานทางปรัชญาเหล่านี้ได้ นอกจากนี้ เนื่องจากวิทยาศาสตร์สมัยใหม่ถูกจำกัดอยู่เพียงการค้นหาคำอธิบายทางธรรมชาติที่สามารถทดสอบได้ วิทยาศาสตร์จึงต้องเป็นกลางต่อคำถามที่ว่าพระเจ้าทรงดำรงอยู่หรือไม่ วิทยาศาสตร์ไม่สามารถหักล้างการมีอยู่ของพระเจ้าได้ และไม่สามารถอ้างถึงพระเจ้าในฐานะส่วนหนึ่งของทฤษฎีทางวิทยาศาสตร์ได้ เพราะพระเจ้าไม่สามารถนำมาทดสอบได้

วิทยาศาสตร์เป็นเครื่องมือที่ยอดเยี่ยมสำหรับการเรียนรู้เกี่ยวกับโลกธรรมชาติ แต่มันไม่ใช่ยาวิเศษที่สามารถแก้ไขได้ทุกสิ่ง และไม่เคยถูกสร้างมาเพื่อแบกรับภาระเช่นนั้น