ทฤษฎีวิวัฒนาการนำเสนอคำอธิบายว่าชีวิตบนโลกเกิดขึ้นและพัฒนาไปอย่างไร ทฤษฎีนี้ถือว่ามีช่วงเวลาอันยาวนานที่กระบวนการทางธรรมชาติทำให้เกิดชีวิต และชีวิตมีการเปลี่ยนแปลงเมื่อเวลาผ่านไปจากรุ่นหนึ่งไปสู่อีกรุ่นหนึ่ง เมื่อชีวิตเปลี่ยนแปลงและปรับตัวเพื่อความอยู่รอดในสภาพแวดล้อมที่เปลี่ยนไป สิ่งมีชีวิตใหม่ๆ ก็เริ่มปรากฏขึ้น ตามทฤษฎีวิวัฒนาการ กระบวนการนี้ได้ก่อให้เกิดรูปแบบสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกันทั้งหมดบนโลก รวมถึงมนุษย์ด้วย

ไม่ว่าจะเป็นจริงหรือเท็จ สิ่งนี้ก็ไม่ได้ขัดแย้งกับแนวคิดเรื่องพระเจ้าเลยแม้แต่น้อย ในฐานะผู้ทรงเนรมิตสร้างผู้ทรงสรรพานุภาพ พระเจ้าทรงมีอิสระที่จะสร้างอย่างรวดเร็วหรือช้าๆ โดยตรงหรือผ่านกระบวนการขั้นกลาง พระองค์สามารถสร้างจักรวาลในเหตุการณ์บิกแบงเพียงชั่วพริบตา จากนั้นจึงปล่อยให้มันผ่านช่วงเวลาแห่งการพัฒนาอันยาวนานและเชื่องช้า จนก่อให้เกิดดวงดาว ดาวเคราะห์ และในท้ายที่สุดก็เกิดรูปแบบของสิ่งมีชีวิต เนื่องจากพระองค์ทรงชี้นำและค้ำจุนกระบวนการเหล่านั้น พระองค์จึงสามารถเข้ามาแทรกแซงในกระบวนการเหล่านั้นได้ด้วย เช่น เมื่อพระองค์ทรงสร้างวิญญาณให้กับมนุษย์แต่ละคน หรือเมื่อพระองค์ทรงกระทำอัศจรรย์

วิวัฒนาการเป็นวิธีหนึ่งในการอธิบายว่าชีวิตพัฒนาไปอย่างไร แต่เช่นเดียวกับตัววิทยาศาสตร์เอง วิวัฒนาการไม่สามารถตอบคำถามที่ว่า ทำไมตั้งแต่แรกถึงมีจักรวาลที่มีกฎเกณฑ์ทางธรรมชาติที่เอื้อให้เกิดกระบวนการทางวิวัฒนาการได้

ลองพิจารณาข้อเปรียบเทียบนี้ สมมติว่าหลังจากการตรวจสอบทางวิทยาศาสตร์อย่างละเอียดถี่ถ้วนเกี่ยวกับภาพวาดชื่อดังอย่างโมนาลิซา ข้าพเจ้าสรุปว่ามันเป็นผลมาจากการชนกันของสีและผืนผ้าใบ ซึ่งค่อยๆ นำไปสู่การเปลี่ยนจากรูปร่างและหย่อมสีที่อ่านไม่ออก ไปสู่ภาพวาดของผู้หญิงที่งดงามและน่าหลงใหล

การวิเคราะห์ภาพวาดของข้าพเจ้าคงจะถูกต้อง เพราะแท้จริงแล้ว นั่นคือสิ่งที่โมนาลิซาเป็นและคือวิธีที่มันถูกพัฒนาขึ้นมา แต่การวิเคราะห์ของข้าพเจ้าไม่ได้หักล้างหรือทำให้ เลโอนาร์โด ดา วินชี ในฐานะจิตรกรหมดความจำเป็นไปเลย และสิ่งใดดูมีเหตุผลมากกว่ากัน ระหว่างการที่สีและผืนผ้าใบชนกันแบบสุ่มจนเกิดเป็นผลงานชิ้นเอก หรือการที่พวกมันถูกกำหนดทิศทางโดยผู้ทรงภูมิปัญญาบางคน

ลองพิจารณาอีกสิ่งหนึ่ง หากเราเป็นผลผลิตของกระบวนการวิวัฒนาการแบบสุ่ม โดยไม่มีใครคอยชี้นำกระบวนการเหล่านั้น เราก็คงมีเหตุผลที่ดีที่จะสงสัยในความสามารถทางจิตของเราเมื่อพูดถึงการรับรู้ความจริง ทำไมน่ะหรือ เพราะนักชีววิทยาบอกเราว่าพัฒนาการทางวิวัฒนาการไม่ได้มีจุดมุ่งหมายเพื่อผลิตความเชื่อที่เป็นจริง แต่เพื่อช่วยให้สิ่งมีชีวิตอยู่รอด หากเป็นเช่นนั้น ทำไมเราจึงควรเชื่อมั่นในความคิดของเราที่ว่าเราเป็นผลผลิตจากปัจจัยแบบสุ่มอย่างแท้จริงล่ะ ตามแนวคิดดังกล่าว กระบวนการทางจิตที่นำไปสู่ข้อสรุปนี้ก็คงไม่ได้มีจุดมุ่งหมายเพื่อสร้างความเชื่อที่เป็นความจริง

ดูเหมือนว่า ชาร์ลส์ ดาร์วิน จะเข้าใจเรื่องนี้เมื่อเขาเขียนไว้ว่า กับตัวข้าพเจ้าเอง มักจะเกิดความสงสัยอันน่าสะพรึงกลัวอยู่เสมอว่า ความเชื่อมั่นในจิตใจของมนุษย์ ซึ่งพัฒนามาจากจิตใจของสัตว์ชั้นต่ำนั้น มีคุณค่าใดๆ หรือสามารถเชื่อถือได้เลยหรือไม่ จะมีใครเชื่อมั่นในความเชื่อของจิตใจลิง หากมีความเชื่อใดๆ อยู่ในจิตใจเช่นนั้น

ผู้ที่ไม่เชื่อในพระเจ้าอาจตอบข้อคัดค้านนี้โดยกล่าวว่า ความเชื่อที่เป็นความจริงคือความเชื่อที่มีแนวโน้มมากที่สุดที่จะช่วยให้เราอยู่รอด และดังนั้นวิวัฒนาการจึงก่อให้เกิดสิ่งมีชีวิตที่จิตใจของพวกมันถูกจัดระเบียบเพื่อการได้มาซึ่งความเชื่อที่เป็นจริง อย่างไรก็ตาม คำตอบนี้ไม่ได้เอาชนะปัญหานี้ เพราะเห็นได้ชัดว่าเป็นไปได้ที่เราจะสามารถอยู่รอดได้แม้ว่าเราจะสะสมความเชื่อที่เป็นเท็จไว้มากมายเกี่ยวกับเรื่องที่ไม่เกี่ยวข้องกับการอยู่รอดของเรา เช่น โครงสร้างอะตอมของสิ่งต่างๆ รอบตัวเรา แต่ความกังวลที่เราไม่สามารถเชื่อใจจิตใจของตนเองได้จะหมดไป หากพระเจ้าทรงเป็นผู้ชี้นำพัฒนาการของจิตใจมนุษย์เพื่อมุ่งไปสู่การรู้จักพระองค์ และด้วยเหตุนี้จึงรู้จักความจริง