ตามตำนานนี้ หลังจากที่ศาสนาคริสต์เปลี่ยนจากลัทธิที่ถูกเบียดเบียนมาเป็นศาสนาประจำจักรวรรดิโรมัน พระศาสนจักรคาทอลิกก็ปฏิเสธที่จะอดทนต่อธรรมชาติแห่งการคิดอย่างอิสระของนักปรัชญาและนักวิทยาศาสตร์นอกศาสนา ตามคำตักเตือนของนักบุญเปาโลที่ให้ละทิ้ง "ปรีชาญาณของคนมีปัญญา" คริสตชนได้เผาห้องสมุดที่มีชื่อเสียงแห่งเมืองอเล็กซานเดรีย และสังหารบุตรสาวของผู้อำนวยการห้องสมุด ซึ่งเป็นนักคณิตศาสตร์นอกศาสนาผู้ชาญฉลาดและงดงามนามว่า ไฮพาเทีย

อย่างไรก็ตาม หลักฐานจากประวัติศาสตร์บอกเล่าเรื่องราวที่แตกต่างออกไปเกี่ยวกับไฮพาเทียและห้องสมุดแห่งเมืองอเล็กซานเดรีย ตามบันทึกของโสกราตีสแห่งกรุงคอนสแตนติโนเปิล นักประวัติศาสตร์ของพระศาสนจักรระบุว่า ในปี ค.ศ. 415 ฝูงชนในเมืองอเล็กซานเดรียได้สังหารไฮพาเทียจริง แต่นั่นเป็นเพราะเธอติดอยู่ท่ามกลางการแย่งชิงอำนาจระหว่างนักบุญซีริล บิชอปแห่งเมืองอเล็กซานเดรีย และโอเรสเตส ผู้ว่าการอียิปต์ ในเวลานั้น เมืองอเล็กซานเดรียมีคริสตชน ชาวยิว และคนนอกศาสนาอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก การจลาจลรุนแรงระหว่างกลุ่มเหล่านี้เป็นเรื่องปกติ (ดูในกิจการ 19:29–40 สำหรับคำบรรยายถึงการจลาจลที่คล้ายคลึงกันในเมืองเอเฟซัส) และความสัมพันธ์อันตึงเครียดระหว่างนักบุญซีริลและโอเรสเตสก็ไม่ได้ช่วยระงับเหตุการณ์เหล่านั้นได้เลย

โสกราตีสบรรยายถึงการฆาตกรรมไฮพาเทียด้วยน้ำมือของฝูงชนที่นำโดยผู้อ่านพระคัมภีร์ที่ชื่อเปโตร แรงจูงใจของฝูงชนคือการขจัดสิ่งที่ดูเหมือนจะเป็นอุปสรรคเพียงอย่างเดียวต่อการคืนดีกันระหว่างโอเรสเตสและนักบุญซีริล ซึ่งก็คือมิตรภาพระหว่างโอเรสเตสกับไฮพาเทียนั่นเอง แม้ว่าเหตุการณ์นี้จะสะท้อนให้เห็นถึงความบกพร่องทางอุปนิสัยของคริสตชนชาวอเล็กซานเดรียบางคน แต่มันก็ไม่ได้เป็นเครื่องบ่งชี้ถึงความพยายามในวงกว้างที่จะปิดปากนักวิทยาศาสตร์นอกศาสนา เดวิด ลินด์เบิร์ก นักประวัติศาสตร์วิทยาศาสตร์เขียนไว้ว่า การเสียชีวิตของไฮพาเทียล้วนเกี่ยวข้องกับการเมืองท้องถิ่น และแทบไม่มีอะไรเกี่ยวข้องกับวิทยาศาสตร์เลย แม้ว่าโสกราตีสจะแสดงความเป็นปฏิปักษ์ต่อนักบุญซีริลในงานเขียนของเขา แต่เขาก็ไม่เคยกล่าวโทษนักบุญซีริลหรือพระศาสนจักรว่าเป็นต้นเหตุของการจลาจลเลย

แล้วข้อกล่าวหาที่ว่าคริสตชนผู้คลั่งศาสนาได้เผาห้องสมุดอันโด่งดังแห่งเมืองอเล็กซานเดรีย จนส่งผลให้สูญเสียผลงานคลาสสิกไปหลายแสนชิ้นล่ะ สิ่งเดียวที่เรารู้แน่ชัดเกี่ยวกับห้องสมุดแห่งนี้ก็คือ มันถูกสร้างขึ้นในอียิปต์ช่วงศตวรรษที่สามหรือสองก่อนคริสตกาล และเป็นหนึ่งในห้องสมุดที่ใหญ่ที่สุดในโลก แม้ว่าบางคนอย่าง คาร์ล เซแกน ในหนังสือ Cosmos ของเขา จะบอกเป็นนัยว่าฝูงชนคริสตชนได้เผาห้องสมุดแห่งนี้หลังจากการฆาตกรรมไฮพาเทีย แต่ก็ไม่มีบันทึกทางประวัติศาสตร์ใดก่อนศตวรรษที่สิบแปดเลยที่กล่าวหาเช่นนี้

แท้จริงแล้ว แหล่งข้อมูลปฐมภูมิในยุคโบราณได้บรรยายว่าห้องสมุดแห่งนี้ถูกทำลายหลายครั้งในช่วงหลายศตวรรษก่อนการฆาตกรรมไฮพาเทีย การทำลายล้างครั้งแรกเกิดขึ้นเมื่อ 47 ปีก่อนคริสตกาล เมื่อจูเลียส ซีซาร์ ปิดล้อมเมืองอเล็กซานเดรีย พลูตาร์ค นักประวัติศาสตร์ยุคโบราณระบุว่า เมื่อศัตรูพยายามตัดขาดการสื่อสารทางทะเลของเขา เขาจึงถูกบังคับให้ต้องเบี่ยงเบนอันตรายนั้นด้วยการจุดไฟเผาเรือของตนเอง ซึ่งหลังจากที่ไฟเผาทำลายอู่ต่อเรือแล้ว ไฟก็ลุกลามและทำลายห้องสมุดอันยิ่งใหญ่แห่งนั้น การทำลายล้างครั้งที่สองน่าจะเกิดขึ้นในปี ค.ศ. 273 เมื่อจักรพรรดิออเรเลียนของโรมันบุกอียิปต์และเผาทำลายเมืองอเล็กซานเดรียส่วนใหญ่จนราบคาบ

อีกส่วนหนึ่งของตำนานนี้อ้างว่าหลังจากการทำลายห้องสมุด โลกตะวันตกก็ตกต่ำเข้าสู่ยุคมืดเพราะพระศาสนจักรเบียดเบียนและขัดขวางการค้นพบทางวิทยาศาสตร์ ตัวอย่างเช่น เซแกนตั้งคำถามว่าทำไมอารยธรรมตะวันตกจึงหลับใหลผ่านความมืดมิดนับพันปีหลังจากการล่มสลายของกรุงโรม เขาเสนอทฤษฎีที่ว่าวิทยาศาสตร์เพียงแค่ไม่มีการประยุกต์ใช้ในทางปฏิบัติสำหรับผู้คน ดังนั้นการปฏิบัติทางวิทยาศาสตร์จึงไม่ได้รับความนิยมจนกระทั่งโคลัมบัสและโคเปอร์นิคัสค้นพบประโยชน์ของมันอีกครั้งในศตวรรษที่สิบหก

แต่เซแกนเข้าใจผิด สี่ร้อยปีก่อนหน้าโคเปอร์นิคัสและโคลัมบัส พระศาสนจักรคาทอลิกได้ก่อตั้งสถาบันซึ่งกลายเป็นแหล่งความรู้หลักในโลกสมัยใหม่ของเรา นั่นคือมหาวิทยาลัย เริ่มต้นที่ปารีสและโบโลญญาในปี ค.ศ. 1200 มหาวิทยาลัยได้ให้การสนับสนุนนักวิชาการอย่างเช่นนักบุญโทมัส อไควนัส ผู้ซึ่งได้พัฒนาการผสมผสานระหว่างความรู้แบบกรีก-โรมันคลาสสิกกับเทววิทยาคริสเตียน

ภายในเวลาไม่กี่ศตวรรษ มหาวิทยาลัยกว่าห้าสิบแห่งก็ผุดขึ้นทั่วทั้งยุโรป ทำให้นักศึกษานับแสนคนสามารถเข้าถึงความรู้เกี่ยวกับวิทยาศาสตร์และประวัติศาสตร์ได้อย่างที่ไม่เคยมีมาก่อน ไมเคิล แชงก์ นักประวัติศาสตร์วิทยาศาสตร์กล่าวว่า หากพระศาสนจักรในยุคกลางมีเจตนาที่จะกีดกันหรือปราบปรามวิทยาศาสตร์ พระศาสนจักรก็คงทำผิดพลาดอย่างมหันต์ที่ยอมผ่อนปรนให้มีมหาวิทยาลัย ไม่ต้องพูดถึงการให้การสนับสนุนเลยด้วยซ้ำ

แล้วทำไมจึงไม่มีความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์ที่ประจักษ์ชัดเลยระหว่างศตวรรษที่ห้าถึงศตวรรษที่สิบสาม เหตุผลประการหนึ่งคืออารยธรรมตะวันตกยังคงสั่นคลอนจากการถูกทำลายล้างของจักรวรรดิโรมัน ด้วยการสูญเสียความมั่นคงที่ตามมาหลังจากการล่มสลายของกรุงโรม พระศาสนจักรคาทอลิกได้กลายเป็นผู้ปกป้องอารยธรรม อารามต่างๆ ทั่วทั้งยุโรปได้คัดลอกต้นฉบับโบราณอันล้ำค่าที่รอดพ้นจากการล่มสลายของกรุงโรม และสิ่งนี้ได้ช่วยอนุรักษ์ประวัติศาสตร์และรวบรวมความรู้ในอดีตเอาไว้ ตรงกันข้ามกับแนวคิดที่ว่ายุคกลางเป็นตัวแทนของความซบเซาทางสติปัญญา ในศตวรรษที่แปดเราได้เห็นการพัฒนาตัวอักษรพิมพ์เล็กแบบกาโรแล็งฌีย็อง (Carolingian minuscule) รูปแบบการเขียนด้วยลายมือแบบใหม่นี้เรียนรู้ได้ง่ายกว่าและอ่านง่ายกว่ามาก จึงช่วยให้สามารถคัดลอกต้นฉบับได้มากขึ้น ซึ่งรวมถึงสำเนาผลงานโบราณที่ค้นพบในตะวันออกกลางที่ช่วยกระตุ้นการเติบโตของแนวคิดเชิงปรัชญาสำนักสโคลาสติกในยุโรปในช่วงปลายยุคกลาง